@Tiago Craici & @xmonikitaax
Entrei em contato com a Microsoft, e eles sugeriram fazer os relacionamentos de forma manual mesmo, através do "Gerenciar Relações" encontrado na mesma tela onde é feito os relacionamentos.
Eles não chegaram a comentar se é bug ou algo do gênero, mas me parece que isso é bug visual e acontece quando temos muitas tabelas no mesmo modelo. De qualquer forma, no backend o relacionamento funciona e pode ser uma solução.