@Francis_1982
Se de fato você tem códigos de produtos e descrição diferentes nas duas bases , uma saída seria encontrar esses produtos e talvez alterar no teu sistema, pois sempre terá esse problema na hora de mesclar. Você poderia utilizar apenas as colunas IE e NF nas duas bases, mas por se tratar de NF onde temos mais de um produto, você ainda continuará com o problema.